O Plano Aplicação Plurianual (PAP) é o instrumento normativo que estabelece diretrizes de aplicação de médio prazo e destinação dos valores oriundos da cobrança pelo uso dos recursos hídricos na Região Hidrográfica II, para o fomento das ações estruturais e estruturantes, com prioridades na otimização da aplicação dos recursos, no aperfeiçoamento da gestão, na melhoria da qualidade e disponibilidade de água na Bacia. De forma participativa, através das instâncias do Colegiado e oficinas participativas, o documento foi construído com base no planejamento do Manual Operativo do Plano Estratégico de Recursos Hídricos 2023-2026 (resolução COMITÊ GUANDU Nº168, de 24 de fevereiro de 2022), considerando a estimativa de arrecadação da Região Hidrográfica, com vistas a propiciar a implementação das ações previstas no Plano Estratégico de Recursos Hídricos e consequentemente os ganhos ambientais esperados.