O Comitê realiza seu processo eleitoral público a cada dois anos. Podem participar do processo e da composição do colegiado, representantes dos poderes executivos federal, estadual e municipal que se relacionam com recursos hídricos, setores de usuários das águas e organizações da sociedade civil organizada. Os membros indicados pelas instituições eleitas têm mandato de dois anos, permitida a recondução.