O Comitê Guandu-RJ participou da elaboração do índice de saúde da água da bacia do Guandu. Construído sobre uma base científica sólida pela Conservação Internacional, o ISA pode facilitar a comunicação sobre a saúde de uma bacia hidrográfica através de vários indicadores que muitas vezes não estão incluídos na gestão dos recursos hídricos. São avaliadas três dimensões da saúde da água para obtenção de um diagnóstico completo: vitalidade do Ecossistema, serviços ecossistêmicos, e governança e partes interessadas.
Financiado pelo Centro de Água para América Latina e Caribe, a aplicação do ISA na América Latina incluiu duas bacias hidrográficas além do Guandu, a bacia Alto Mayo no Peru e a bacia Bogotá na Colombia. No Brasil, o desenvolvimento do ISA contou com vários parceiros: Comitê Guandu-RJ, AGEVAP (Agência da Bacia do Guandu), Ministério Público do Rio de Janeiro e da Federação das Indústrias do Estado do Rio de Janeiro (FIRJAN).
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